Zavod ima organizacione jedinice:

 Kazneno-popravni dom,

 Zatvor Podgorica,

Zatvor Bijelo Polje,

 Zatvor za kratke kazne,

Centar za obrazovanje,

Zavod ima službe:

Službu  za obezbjeđenje,

Službu za resocijalizaciju,

Službu za rad osuđenih lica,

Zdravstvenu službu,

 Službu zajedničnih poslova.

  Organizacionim jedinicama rukovode načelnici.

U Kazneno- popravnom domu Podgorica-KPD izvršava se kazna zatvora do 40 godina, kazna zatvora u trajanju dužem od šest mjeseci za osuđena muška lica, kazne maloljetničkog zatvora, kao i kazne zatvora izrečene u krivičnom i prekršajnom postupku za žene.

KPD kao organizaciona jedinica u svom sastavu ima tri sektora:

• Sektor obezbjeđenja - vrši poslove obezbjeđenja osuđenih i prekršajno kažnjenih lica;
• Sektor za tretman - vrši poslove ispitivanja ličnosti, utvrđivanje programa tretmana u Odsjeku za ispitivanje ličnosti i realizaciju istih kroz Odsjek za ispitivanje ličnosti i Odsjek za realizaciju tretmana; 
• Sektor za rad - vrši poslove koji se odnose na sprovođenje radne i okupacione terapije osuđenih lica utvrđene programom tretmana u Odsjeku za ispitivanje ličnosti kroz rad tri odsjeka: Odsjek za zanatsku proizvodnju i transport, Odsjek za poljoprivrednu proizvodnju i Odsjek za održavanje.

U Zatvoru Podgorica izvršava se mjera obezbjeđenja prisustva osumnjičenog, optuženog i okrivljenog u krivičnom postupku-pritvor. Zatvori svoju funkciju ostvaruju kroz Sektor obezbjeđenja koji vrši poslove obezbjeđenja lica lišenih slobode kroz odsjeke unutrašnjeg i spoljašnjeg obezbjeđenja i Odsjek sprovodničkog obezbjeđenja.

U Zatvoru Bijelo Polje izvršava se mjera obezbjeđenja prisustva osumnjičenog, optuženog i okrivljenog u krivičnom postupku-pritvor, kazna zatvora do šest mjeseci i kazna zatvora izrečena u prekršajnom postupku za muška lica. Zatvori svoju funkciju ostvaruju kroz Sektor obezbjeđenja koji vrši poslove obezbjeđenja lica lišenih slobode kroz odsjeke unutrašnjeg i spoljašnjeg obezbjeđenja i Odsjek sprovodničkog obezbjeđenja.

Radi rasterećenja Zatvora Podgorica kako u organizacionom smislu tako i u smislu rasterećenja smještajnih kapaciteta formirano je posebno Odjeljenje u kojem se izvršavaju kratke kazne zatvora u trajanju do šest mjeseci i kazna zatvora izrečena u prekršajnom postupku za muška lica. Odjeljenje svoju funkciju ostvaruje kroz unutrašnje i spoljašnje obezbjeđenje. Kako je izrada novog akta o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji u toku ovo odjeljenje će biti jedna od organizacionih jedinica Zavoda.

Zdravstvena zaštita: osuđenim i pritvorenim licima  zdravstvenu zaštitu pruža Zdravstvena služba na primarnom i sekundarnom nivou, a obavlja se putem ambulantskog i stacionarnog dijela.Sve zdravstvene usluge pružaju se preko jednog ljekara interne medicine, jednog stomatologa,15 medicinskih tehničara, jednog fizioterapeuta i jednog farmaceutskog tehničara.Ostale usluge se pružaju preko ljekara drugih specijalnosti kao konsultanata koji dolaze po potrebi iz drugih zdravstvenih ustanova.
 

                                                                                                                                                                    
U Centru za obrazovanje kadrova vrši se realizacija nastavnih planova i programa za osposobljavanje pripravnika, stručno usavršavanje državnih službenika, odnosno namještenika za specifičan rad u Zavodu.

Služba za opšte poslove kroz četiri kancelarije obavlja: pravne i administrativne poslove,    finansijsko- računovodstvene, komercijalne i pomoćno-tehničke poslove.